Η Πάπισσα Ιωάννα έχει τον υπότιτλο «μεσαιωνική μελέτη»^[2] και το βιβλίο, εκτός από την καθαυτό αφήγηση (στην οποία υπάρχουν συχνά υποσημειώσεις με επιπρόσθετο πληροφοριακό υλικό), συνοδεύεται από άλλες τρεις ενότητες: έναν πρόλογο του συγγραφέα προς τους αναγνώστες με πληροφορίες ενημερωτικές για την προϊστορία του έργου, την έρευνα, τις πηγές, το ύφος αλλά και την κριτική διάθεση με την οποία αντιμετώπιζε τα εκκλησιαστικά πράγματα, μία εκτενή εισαγωγή με παρουσίαση όλων των μαρτυριών για την ύπαρξη της Πάπισσας Ιωάννας και την ιστορία της, και μία ενότητα με εκτενείς σημειώσεις στο τέλος του έργου, όπου παρατίθενται άλλα ιστορικά στοιχεία και σχόλια.

Η κυρίως αφήγηση εξιστορεί τη ζωή της Ιωάννας από τη γέννηση έως το τέλος της ζωής της. Ξεκινά από την ιστορία των γονέων της, δύο ιεραποστόλων και συνεχίζει με την ένταξή της στον βίο της μοναχής σε νεαρή ηλικία, τη γνωριμία και τον έρωτά της για τον μοναχό Φρουμέντιο, τα ταξίδια τους -με την Ιωάννα μεταμφιεσμένη σε άντρα- στη Γερμανία, στην Ελβετία και τη Γαλλία, τη μακροχρόνια παραμονή τους στην Αθήνα και την εγκατάσταση της Ιωάννας στη Ρώμη, την άνοδό της στην εκκλησιαστική ιεραρχία που την οδήγησε τελικά στο παπικό αξίωμα, την ερωτική της σχέση με τον θαλαμηπόλο της, την εγκυμοσύνη και τέλος την αποβολή και τον θάνατό της κατά τη διάρκεια μιας λιτανείας.