Ο Εμμανουήλ Ροΐδης γεννήθηκε στις 28 Ιουνίου 1836 στην Ερμούπολη της Σύρου από εύπορους και αριστοκρατικής καταγωγής γονείς από τη Χίο, τον Δημήτριο Ροΐδη και την Κορνηλία το γένος Ροδοκανάκη. Το 1841 η οικογένειά του μετακόμισε στην Ιταλία λόγω του διορισμού του πατέρα του σε μεγάλο εμπορικό οίκο της εποχής, με έδρα τη Γένοβα, και αργότερα λόγω της υπηρεσίας του ως Γενικού Προξένου της Ελλάδας. Σε ηλικία δεκατριών ετών, και ενώ οι γονείς του είχαν εγκατασταθεί στο Ιάσιο, ο Ροΐδης επέστρεψε στην Ερμούπολη, όπου σπούδασε εσωτερικός στο φημισμένο ελληνοαμερικανικό λύκειο Χρήστου Ευαγγελίδη. Συμμαθητής του ήταν ο λόγιος, συγγραφέας και έμπορος Δημήτριος Βικέλας και μαζί εξέδιδαν μια εβδομαδιαία χειρόγραφη εφημερίδα με τον τίτλο Μέλισσα..

Το 1855, αφού αποφοίτησε, εγκαταστάθηκε στο Βερολίνο για θεραπεία για το πρόβλημα της βαρηκοΐας που είχε εμφανιστεί από τα μαθητικά του χρόνια και συνέχισε να τον ταλαιπωρεί σε όλη τη ζωή του. Παράλληλα παρακολούθησε μαθήματα φιλολογίας και φιλοσοφίας. Μετά από ένα χρόνο και εξαιτίας της επιδείνωσης της υγείας του, πήγε στο Ιάσιο και το 1857 στη Βραΐλα, όπου ανέλαβε την αλληλογραφία του εμπορικού οίκου του θείου του, Δημητρίου Ροδοκανάκη. Τότε ασχολήθηκε κρυφά με τη μετάφραση του Οδοιπορικού του Σατωβριάνδου, ο θείος του όμως το αντιλήφθηκε και τον παρότρυνε να τη δημοσιεύσει. Την πλήρη μετάφραση εξέδωσε το 1860, έναν χρόνο αφού είχε εγκατασταθεί στην Αθήνα μαζί με την οικογένειά του. Την επόμενη χρονιά ακολούθησε τους γονείς του στην Αίγυπτο, για θεραπεία της μητέρας του, όμως, μετά τον αιφνίδιο θάνατο του πατέρα του το 1862, επέστρεψε με τη μητέρα του και εγκαταστάθηκε μόνιμα στην Αθήνα, αποφασισμένος να μην ακολουθήσει τις εμπορικές δραστηριότητες που του είχε αφήσει ο πατέρας του αλλά να αφοσιωθεί στην ενασχόληση του με τα γράμματα.

Το 1866 ολοκλήρωσε τη συγγραφή του μυθιστορήματος Πάπισσα Ιωάννα, έργο μέσα από το οποίο σατιρίζει τον κλήρο της Δυτικής Εκκλησίας την περίοδο του Μεσαίωνα. Το βιβλίο αφορίστηκε από την Ιερά Σύνοδο (αφορισμός που άρθηκε αργότερα) αλλά με τις συνεχείς πέντε εκδόσεις του κατάφερε να καταξιώσει διεθνώς τον Ροΐδη (ως διάσημο ή μάλλον διαβόητο - κατά σημείωση του Άριστου Καμπάνη). Ο Ροΐδης τα επόμενα χρόνια συνεργάστηκε με γαλλόφωνες εφημερίδες ενώ το 1870 έγινε και διευθυντής των εφημερίδων La Grèce (Η Ελλάδα) καί L'Independence Hellenique (Ελληνική Ανεξαρτησία).

Το 1873 έχασε σχεδόν όλη του την περιουσία που είχε επενδύσει σε μετοχές της Εταιρίας Λαυρίου και της Πιστωτικής.

Τον Ιανουάριο του 1875 και για 18 μήνες εξέδιδε με τον Θέμο Άννινο το εβδομαδιαίο χιουμοριστικό στην αρχή, σατιρικό κατόπιν, περιοδικό Ασμοδαίος μέσα από τις σελίδες του οποίου είχε τη δυνατότητα να σχολιάζει τη δημόσια και πολιτική ζωή της Ελλάδας καθώς και να συμμετέχει ενεργά σε αυτήν. Υπέγραφε με τα ψευδώνυμα «Θεοτούμπης», «Σκνίπας» και πολλά άλλα παρόμοια, τα περισσότερα μιας μόνο χρήσεως, αφού τα ψευδώνυμα αυτά φαίνεται πως ήταν συνήθως αναγραμματισμοί φράσεων που τόνιζαν κάτι που είχε αναφερθεί στο αντίστοιχο άρθρο.^[4] Καυτηρίαζε ακόμη τη κομματική συναλλαγή της εποχής του, υποστηρίζοντας όμως την πολιτική του Χαρίλαου Τρικούπη.

Το 1877 άρχισε η διαμάχη του με τον Άγγελο Βλάχο, με αφορμή ένα κριτικό του κείμενο με τίτλο «Περί Συγχρόνου Ελληνικής Ποιήσεως», στο οποίο στρεφόταν κατά του ακραίου ρομαντισμού και της πραγμάτωσής του στο έργο της Α' Αθηναϊκής Σχολής και των ποιητικών διαγωνισμών του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1878 διορίστηκε έφορος και διευθυντής στην Εθνική Βιβλιοθήκη, στην οποία εργαζόταν κατά τη διάρκεια των κυβερνήσεων Τρικούπη, ενώ απολυόταν από τις κυβερνήσεις Δηλιγιάννη. Παράλληλα, εμφανιζόταν ως υπέρμαχος της δημοτικής με μια σειρά από γλωσσικές μελέτες, αν και ο ίδιος έγραφε τα κείμενά του στην καθαρεύουσα. Το 1885 είχε ένα σοβαρό ατύχημα όταν τον χτύπησε μια άμαξα με αποτέλεσμα να σπάσει το σαγόνι του και να μην μπορεί να μιλήσει για μήνες. Το 1890 έχασε την ακοή του οριστικά.

Την περίοδο 1890-1900 δημοσίευσε το μεγαλύτερο μέρος του καθαρά αφηγηματικού του έργου, που περιλαμβάνει αρκετά διηγήματα. Μέχρι το τέλος της ζωής του συνεργαζόταν με πολλά λογοτεχνικά περιοδικά και εφημερίδες της εποχής στα οποία δημοσίευε διηγήματα και κριτικά άρθρα.

Πέθανε στην Αθήνα, στις 7 Ιανουαρίου 1904.