Ο Μαργαρίτης θεωρείται ο πρώτος Έλληνας φωτογράφος. Η ενασχόληση του με την φωτογραφία (τότε ονομάζονταν νταγκεροτυπία) ξεκίνησε γύρω στο 1847 μετά από ένα ταξίδι του στο εξωτερικό. Το 1853 άνοιξε το πρώτο φωτογραφείο στην Αθήνα.

Με υποτροφία της κυβέρνησης του Ιωάννη Καποδίστρια σπούδασε ζωγραφική στη Ρώμη. Επέστρεψε στην Ελλάδα το 1837 και πέντε χρόνια αργότερα διορίστηκε καθηγητής στο Σχολείο των Τεχνών, όπου δίδαξε έως την απόλυσή του το 1862.