Αδελφός του Φίλιππου Μαργαρίτη, σπούδασε στο Παρίσι ζωγραφική και λιθογραφία. Το 1836 επέστρεψε στην Αθήνα και διορίστηκε πρώτος καθηγητής της ζωγραφικής στη Σχολή των Ευελπίδων. Συγχρόνως ίδρυσε εργαστήριο ζωγραφικής, στο οποίο εγκατέστησε και μηχανήματα λιθογραφίας. Μαζί του στεγάστηκε και ο αδελφός του όταν επέστρεψε στην Ελλάδα, αναφέρεται δε ότι το 1844 το επισκέφθηκε ο πρωθυπουργός Ιωάννης Κωλέττης. Μαζί επίσης ίδρυσαν το πρώτο φωτογραφείο στην Αθήνα, εισάγοντας την τέχνη της φωτογραφίας στην Ελλάδα. Από το 1843 ως το 1853 δίδαξε αμισθί Ανωτέρα Ζωγραφική, Γυψογραφία και Ελαιογραφία στο Σχολείον των Τεχνών.