Στο Νυχτερέμι, ένα χωριό της Θεσσαλίας κοντά στις εκβολές του Πηνειού, οι κάτοικοί του, αγρότες Έλληνες όλοι, ενώ βρίσκονται στα δικαστήρια με τον μπέη της περιοχής, στην προσπάθειά τους να ξεκαθαρίσουν το ιδιοκτησιακό καθεστώς του χωριού, με την κρυφή ελπίδα ότι θα καταφέρουν να νικήσουν και να θεωρηθούν τα κτήματα δικά τους και όχι του μπέη, φτάνει ένας γέρος ζητιάνος μαζί με το δεκαπεντάχρονο ζητιανόπουλό του.

Το κύριο πρόσωπο του μυθιστορήματος, ο από τα Κράκουρα ή Κράβαρα ζητιάνος ονόματι Τζιριτόκωστας, αφού ξυλοφορτωθεί αγρίως από τον τελωνοφύλακα Βαλαχά, θα προκαλέσει τη συμπόνια των κατοίκων που θα προσφέρουν φιλοξενία και τροφή. Την επόμενη μέρα, ο ζητιάνος θα προκαλέσει το ενδιαφέρον των γυναικών του χωριού, με τα «θαυματουργά βοτάνια» του, και θα κατορθώσει να πουλήσει, το «αγαπόχορτο», το «σερνικοβότανο» και άλλα βοτάνια, καθώς και υλικά για ξόρκια και για μαγικά, παίρνοντας σε αντάλλαγμα ό,τι πιο ακριβό έβλεπε ότι είχε το κάθε σπίτι, που θα το μεταπουλούσε και θα γέμιζε με χρυσές λίρες. Αδιάφορος και ασυγκίνητος για τη μοίρα και την τύχη αυτών των γυναικών θα δώσει βοτάνια που θα φέρουν το θάνατο, ενώ θα καθοδηγήσει επιδέξια όλο το χωριό, άντρες και γυναίκες, για να ικανοποιήσουν τις επιθυμίες του· να εκδικηθεί δηλαδή το ξύλο που έφαγε από τον τελωνοφύλακα, παίζοντας με την αμάθεια και τη δεισιδαιμονία των κατοίκων, καθοδηγώντας τους να βάλουν φωτιά στο σπίτι που μένει για να τον κάψουν ζωντανό. Τέλος, θα βάλουν φωτιά στο μεγάλο σπίτι του μπέη, οπότε καταφτάνουν οι ελληνικές Αρχές και οι Τούρκοι αφέντες της περιοχής και οδηγούν όλους τους άντρες στη φυλακή της Λάρισας, βυθίζοντας το χωριό στον αφανισμό.

Ο ζητιάνος, ξεφεύγει από όλες τις δυσκολίες, χάρη στην καταπληκτική προσαρμοστικότητά του, στην ασυνειδησία του χαρακτήρα του, στην εξυπνάδα του και ενώ αυτός σπέρνει το θάνατο και την καταστροφή, κατορθώνει να φύγει από το χωριό, άθικτος και πλούσιος. Και αυτό γιατί, όπως λέει στον επίλογο ο συγγραφέας, «η Φύσις [είναι] θεότης αδιάφορη, ανεπηρέαστη, ίση δείχνοντας αγάπη και στους Κάη του καρπούς και στα πρωτοτόκια του Άβελ».