Γεννήθηκε στο Καλθάδα δε Καλατράβα, στην περιοχή του Αλμάγρο στην Ισπανία.[11] Σε ηλικία 8 ετών παρακολούθησε καθολικό σχολείο. Οι εμπειρίες του από το σχολείο αυτό και από τους εκκλησιαστικούς θεσμούς σε συνδυασμό με τη σεξουαλική κακοποίηση που υπέστη, αποτέλεσαν την έμπνευση για την ταινία του Κακή εκπαίδευση (2004). Στα 16 του μετακόμισε στη Μαδρίτη και ασχολήθηκε με διάφορες δουλειές του ποδαριού, αφού λόγω της δικτατορίας του Φράνκο ο ισπανικός κινηματογράφος δεν ήταν ιδιαίτερα ανεπτυγμένος.[12] Στη συνέχεια δούλεψε για 12 χρόνια στον ισπανικό οργανισμό τηλεπικοινωνιών και έτσι κατάφερε να αγοράσει την πρώτη του κάμερα, μια Super 8. Τα χρόνια εκείνα δούλεψε σε θεατρικές ομάδες, ίδρυσε το σατιρικό πανκ-ροκ συγκρότημα Almodovar y McNamara και γύρισε πολλές χιουμοριστικές ταινίες σε super 8,[13] τις οποίες παρουσίαζε σε ιδιωτικές προβολές. Η πρώτη του μεγάλου μήκους ταινία είναι το Η Πέπι, η Λούσι, η Μπομ και τα άλλα κορίτσια[14] που ολοκληρώθηκε με πολλές δυσκολίες το 1980. Ακολούθησαν πολλές ταινίες, στις οποίες υπογράφει ο ίδιος και το σενάριο, που έφεραν και τη διεθνή αναγνώριση για το σκηνοθέτη.